Understanding the effects of anthropogenically induced factors on algal bloom-related water quality in regulated rivers is important for the protection of both aquatic ecosystems and human health. This study investigated the spatial and temporal variations in rainfall, hydrology, dominant algae, cell density of cyanobacterial harmful algae (CyanoHA), and off-flavor compounds at weekly intervals in eight weir pools of the Nakdong River from January 2013 to July 2017. The mean and maximum densities of CyanoHA were 7,990 cells mL-1 and 457,831 cells mL-1, respectively, and these increased exponentially downstream. Anabaena, Aphanizomenon, and Pseudoanabaena were the dominant cyanobacterial species responsible for the off-flavor compounds such as geosmin and 2-Methylisoborneol (2-MIB). Most of outflow from the weir pools was released as bottom flow from hydropower generation facilities, except during periods of flooding. The drawdown of the water level by bottom abstraction caused stagnant surface water and a relatively long-term surface water exchange rate (WER), thereby positively influencing the occurrence of CyanoHA and freshwater red-tide (FRT). Physical, chemical, biological, and institutional regime factors also affected the formation of the blooms. Overall, it may be desirable to focus on the controllable anthropogenic sources to mitigate the presence of CyanoHA blooms and FRT in the weir pools and the lower parts of the Nakdong River.