This study was carried out to determine the distribution of cyanobacterium Pseudoanabaena population in 13 weir pools in the Nakdong River during the summer of 2018 and 2019. The cyanobacterium Microcystis aggregates into colonies with a mucilaginous sheath that constitutes a special microhabitat for many microorganisms that associate to it. Here, we examine the notorious, yet scarcely studied case of epiphytic association by the cyanobacterium Pseudoanabaena sp. to colonial Microcystis. In decades, Pseudoanabaena species have been frequently reported as cyanobacterial bloom components. However, these species are always overlooked because they cannot be observed easily owing to their small sizes. The observed species composition was P. limnetica and P. mucicola. The observation of Pseudoanabaena started from the upstream and the amount increased exponentially toward the downstream. Maximum density was 4.5×106 cells/mL. The dynamics pattern of Pseudoanabaena was similar to that of Microcystis. In terms of their density, it could be attributed to sufficient potential sources of toxin and off-flavour (especially 2-MIB) due to harmful cyanobacterial bloom in the Nakdong River.