This study was carried out to determine the distribution of cyanobacterium Pseudoanabaena and epiphytic diatom populations in 13 weir pools in the Nakdong River during the summer of 2018 and 2019. The cyanobacterium Microcystis aggregates into colonies with a mucilaginous sheath that constitutes a special microhabitat for many microorganisms that associate to it. Here, we examine the notorious, yet scarcely studied case of epiphytic association by the cyanobacterium Pseudoanabaena spp. to colonial Microcystis aeruginosa (MA). In decades, Pseudoanabaena species have been frequently reported as cyanobacterial bloom components. However, these species are always overlooked because they cannot be observed easily owing to their small sizes. The observed species composition was P. limnetica and P. mucicola. The observation of Pseudoanabaena started from the upstream and the amount increased exponentially toward the downstream. Maximum density was 4.5×106 cells/mL. The dynamics pattern of Pseudoanabaena was similar to that of Microcystis. In terms of their density, it could be attributed to sufficient potential sources of toxin and off-flavour (especially 2-MIB) due to harmful cyanobacterial bloom in the Nakdong River.  
   Furthermore, the cyanobacterial colonies were in turn colonized by the diatom species. This co-occurrence has been previously reported only fourth in the literature and this study will be the first in Korea. This diatom (identified as Nitzschia palea) had selectivity on MA and the phytoplankton biotic habitat of epiphyton was related to colony size and density. Field observation as well as a literature revision, suggest that the association of between the two types of organisms is symbiotic, assuring a continuous supply of nutrients of exogenous and endogenous origin. Besides obtaining nutrients, an epiphytic diatom also benefits from suspension in the upper part of the photic zone, where availability of light and nutrients is higher. The species was observed up to 2.0×105 cells/mL only from Hapcheon-Changnyeong weir to the mouth barrages of Nakdong River, and during that time, the inorganic silicate was dramatically depleted. The epiphytic diatom observed this study could be recommended as an ecological pollutant species with Microcystis population colonies.