Eutrophication is caused by the discharge of excess nutrients from various point and nonpoint sources. In particular, nonpoint sources of nutrients are difficult to identify because of diffuse sources and the effects of climate change. The objective of this study is to investigate the change in nutrient loading from land areas under climate change. In this study, the Soil and Water Assessment Tool (SWAT) model was applied to predict the sediment, total nitrogen, and total phosphorus loads in the Yeongsan River Basin using geographical information (i.e., digital elevation map, land use, and soil type), observed data (i.e., meteorological data, streamflow, and water quality). Future climatic variables were obtained from General Circulation Model, which was simulated using four Representative Concentration Pathway (RCP) scenarios such as RCP 2.6, 4.5, 6.0, and 8.5. The results showed that flow rate, sediment load, total nitrogen load, and total phosphorus load were changed in terms of climate change under the different RCP scenarios. Impacts of climate change on a basin may be important factor on eutrophication management in the Yeongsan River. The SWAT model provided an accurate prediction of the current nutrient pollutant loads and facilitated the reliable prediction of future nutrient pollutant loads under climate change.