In this study we attempted to investigate the effect of floating photovoltaic (FPV) system in Chungju Lake on the water quality. The FPV with a tilt angle of 33° covered ca. 0.04% of surface area (97㎢) of Chungju Lake. The water qualities of the whole lake before and after installation of FPV were first compared. DO, BOD, TOC, and Chl-a of the whole lake were increased, while conductivity decreased after installation period at the significance level of 0.05. This was probably due to the increased influx of nutrients by 40% increased precipitation during the same comparison periods. We also measured the water quality parameters on May and Nov. 2017 at the FPV center (FPVC) and nearby control sites, and compared water quality between them. The result showed that the FPVC and nearby sites were not significantly different (p > 0.05), demonstrating that the FPV does not cause the decline of water quality. The water temperature, light intensity, and phytoplankton community were also measured by depth. The water temperature was not different between the sites, while the light intensity decreased to 27~50%. Despite of the reduced light intensity at FPVC, the phytoplankton standing crops and the number of species were not significantly different (p > 0.05). However, in the early November samples, standing crops was significantly high in FPVC than control with periphytic diatoms belonging to Aulacoseira genus being dominant. This may be due to the temporal water body behavior or local retention of current by FPV system. This study may provide a measure of future installation of a FPV system.