Describing temporal changes in phytoplankton communities is complicated owing to (i) multivariate environmental
drivers, (ii) inter-specific relationships, and (iii) various species.With long-term research data from the
lower Nakdong River from 1993 to 2016, we examined the temporal changes at two scales?episodic (from
weekly to monthly) and long-term (yearly)?and screened the potential environmental drivers. Phytoplankton
community component patterns were modeled with the drivers as covariates, using multivariate autoregressive
state-space (MARSS) models, to assess their response to environmental drivers and biotic interactions. We assumed
that compared to taxonomic classification, functional classification would obtain a better identification
of community response to temporal variability. Over 24 years, the succession patterns of the dominant taxonomic
and functional groups decreased in diversity, with the greatest decreases in biomass of Bacillariophyceae and
group D (mainly the diatom Stephanodiscus hantzschii), and coincided with the introduction of group H1
(dinitrogen-fixing nostocaleans). The potential drivers for these changes were precipitation, water level, and
total nitrogen (TN) for taxonomic groups and TN, total phosphorus, and euphotic zone depth for functional
groups. The results of the MARSS model and temporal trends for each driver indicated that the increases in the
water level and light availability were mostly related with the taxonomic and functional groups, respectively.
The model for functional groups proposed a total of 24 significant inter-group relationships,where five relationships
supported the succession patterns of dominant groups in the Nakdong River. Combined with the effects of
increased light availability, a positive relationship between groups H1 and M (mainly Cyanobacteria and Microcystis aeruginosa) appears to induce cyanobacterial bloom development over a long period. These results
can be fundamental information for river system management concerning the resulting cascading effects of
changes in environmental drivers and inter-group relationships on the phytoplankton community composition.