Toxins that produced by cyanobacteria can be harmful to humans. Among these toxins, microcystins are mainly produced by Microcystis spp, and can also be produced in part by Anabana, Oscillatoria, and Aphanizomon. In Korea, the algal blooming levels are determined by the number of counted algae. Since not all Microcystis spp. produce Microcystin, and counting method for algae can’t distinguish between toxin-producing Microcystis and non-toxin producing ones, the amount of harmful Microcystis can be overestimated. In this study, we designed primers and probes for detecting Microcystis (16S rRNA) and toxin-producing Microcystis (mcy B), and optimized the reaction conditions for the real-time PCR. In addition, each partial regions of two genes were cloned into the pUC57 vector to produce artificial positive control DNA in order to quantify gene copy numbers more simply and accurately. The detection limits for the real-time PCRs of Microcystis and toxin-producing Microcystis were 102 copies/reaction, and R2=0.999 and 0.997, respectively. In the test using the field samples, the results from the K-water and NCKU (Taiwan)’s research groups were similar. These also showed that not only total Microcystis and toxin-producing Microcystis could be detected but also the ratio of toxin-producing Microcystis among total Microcystis could be seen using this method, indicating that the methods developed in this study could be used in general. Therefore, the real-time PCR method developed in this study could be used as a useful tool for detecting the harmful Microcystis and the potential microcystins in water.