Isoёtes L. (Isoёtaceae) is a cosmopolitan genus of heterosporous lycopods containing ca. 200 species
being found in lakes, streams, and wetlands of terrestrial habitats. Despite its ancient origin, worldwide distribution,
and adaptation to diverse environment, species in Isoёtes show remarkable morphological simplicity
and convergence. Allopolyploidy appears to be a significant speciation process in the genus. These characteristics
have made it difficult to assess the phylogenetic relationships and biogeographic history of Isoёtes species.
In recent years, these difficulties have somewhat been reduced by employing multiple molecular markers.
Here, we reconstruct the phylogenetic relationships in East Asian Isoёtes species. We also provide their divergence
time and biogeographic origin using a fossil calibrated chronogram. East Asian Isoёtes species are divided
into two clades: I. asiatica and the remaining species. Isoёtes asiatica from Hokkaido forms a clade with northeastern
Russian and western North American Isoёtes species. In clade I, western North America is the source
area for the dispersal of Isoёtes to Hokkaido and northeastern Russia via the Bering land bridge during the late
Miocene. The remaining Isoёtes species (I. sinensis, I. yunguiensis, I. hypsophila, I. orientalis, I. japonica, I.
coreana, I. taiwanensis, I. jejuensis, I. hallasanensis) from East Asia form a sister group to Papua New Guinean
and Australian species. The biogeographic reconstruction suggests an Australian origin for the East Asian species
that arose through long-distance dispersal during the late Oligocene.