The objective of this study is to reproduce algal bloom in the Hapcheon Changnyeong Weir, Nakdong River where algae is frequently formed, and to analyze the cause using a high-resolution three-dimensional (3D) hydraulic and water quality model. The modeling of multifunctional weir operations for a algae dynamics, which have actually been applied, was conducted using the 3D ― Estuary, lake, and coastal ocean model (ELCOM) and Computational aquatic ecosystem dynamic model (CAEDYM) ― model. The objective of this study is to reproduce algal bloom in the Hapcheon Changnyeong Weir, Nakdong River where algae is frequently formed, and to analyze the cause using a high-resolution three-dimensional (3D) hydraulic and water quality model. The modeling of multifunctional weir operations for a algae dynamics, which have actually been applied, was conducted using the 3D, ELCOM and CAEDYM model. To effectively reproduce the dynamics of harmful algae, the size of each grid cell was subdivided into 30 m × 30 m × 1 m (Δx × Δy × Δz) and the total wet cell was composed of 302,258 grids in total. In most of the constituents, the model simulated the temporal change of water quality and the amount of algae relatively well. In particular, the model well reflected the continuous increase in the algal biomass after the water level decline due to the opening of the water gate, and the decreasing due to the rainfall since the end of June. And the process of repeating the increase / decrease after July has been relatively well reproduced. If the accuracy of prediction of the spatial distribution of algae is verified by using the monitoring data of the unit of the algae in the future, more reliable modeling will be possible. Accordingly, the high-resolution 3D hydraulic and water quality model built through this study is thought to be appropriate for the prediction of areas of frequent algal bloom and their scale. Because their flow distance is long, it takes a significant amount of time and money to monitor the weir sections of the four rivers in the case of algal bloom. If the modeling results, such as those determined through this study, are used for monitoring, a reproduction of high-resolution spatial data regarding algal bloom will be achievable at lower costs.