The eutrophication and algal blooms by harmful cyanobacteria (CyanoHAs) and freshwater red-tide (FRT) that severely experiencing in typical regulated weir system of the Nakdong River are one of the most rapidly expanding water quality problems in Korea and worldwide. To compare with the factors of rainfall, hydrology, and dominant algae, this study explored spatiotemporal variability of the major water environmental factors by weekly intervals in eight weir pools of the Nakdong River from January 2013 to July 2017. There was a distinct difference in rainfall distribution between upstream and downstream regions. Outflow discharge using small-scale hydropower generation, overflow and fish-ways accounted for 37.4%, 60.1% and 2.5%, respectively. Excluding the flood season, the outflow was mainly due to the hydropower release through year-round. These have been associated with the drawdown of water level, water exchange rate, and the significant impact on change of dominant algae. The mean concentration (maximum value) of chlorophyll-a was 17.6 mg m-3(98.2 mg m-3) in the SAJ-GAJ and 29.6 mg m-3(193.6 mg m-3) in the DAS-HAA weirpools reaches, respectively. It has increased significantly in the downstream part where the influence of treated wastewater effluents (TWEs) is high. Indeed, very high values (>50 or >100 mg m-3) of chlorophyll-a concentration were observed at low flow rates and water levels. Algal assemblages that caused the blooms of CyanoHAs and FRT were the cyanobacteria Microcystis and the diatom Stephanodiscus populations, respectively. In conclusion, appropriate hydrological management practices in terms of each weir pool may need to be developed.