Naegleria fowleri is free-living amoeba (FLA) widely distributed in the environment and causes fatal primary amoebic meningoencephalitis (PAM) in humans, and it can also be a risk factor in drinking water. We developed real-time PCR method to detect N. fowleri in water and surveyed Korean raw water samples nationwide. A total of 92 samples were collected in 2017. Associated with the fact that N. fowleri is thermophilic amoebae, it was found to be the highest at 17 % in the summer followed by 13 % in the autumn and 5 % in the spring, and not in the winter. This amoebae was detected in rivers and lake at 8 % and 12 %, respectively. Based on water basins, it was found to be the highest in the Han river at 17 %, in the Nakdong river at 13 %, in the Yeongsan river /others at 5 % and not in the Geum/Seomjin river. We also surveyed water treatment process for 5 water treatment plants to identify that the amoebae was normally removed during the water treatment process, and no amoeba was detected in all treated water. These data could be used usefully to manage water source and drinking water safely in Korea.