Pulsed-flows (PFS) was often used as a temporary tool only for various accidents and abnormal water quality in the past in Korea, but specific post-analysis has been rare. In the summer season of 2015 and 2016, a total of 5 to 13 PFS were attempted using damwater and weirwater to mitigate the harmful cyanobacterial water-bloom occurred in the five weir pools of the Nakdong River. This study was intended to compare the direct or indirect effects on the PFS. The release rate of the weirs were most sensitive to rainfall and affected the changes of chlorophyll-a concentration and cell density. The composition of the dominant species was simplified as it moved toward the downstream compared to the upstream. The PFS was changed the longitudinal-depth distribution of standing crops, but the cyanobacterial water-bloom (>1,000×103 cells mL-1) was more intensified in the middle part of weir pool. In order to alleviate the deterioration of water-bloom, the PFS corresponding to exchange rate of more than 15% of weirwater ranged 19 to 43×106 m3.