Desalination has contributed to relieving the water stress around the world. However, there still remain many problems for the desalination. Especially, the critical environmental impact of brine solution has been pointed out as an urgent problem that should be solved quickly. In this study, simulations with respect to eco-friendly brine disposal were conducted along with the open outfall system and seawater reverse osmosis-basis processes. The layout of eco-friendly open outfall system was designed to mitigate the environmental impacts and the capital cost of the open outfall system was estimated with WTCostII software. The estimated capital costs data were treated with statistical techniques such as principal component analysis and multiple linear regression, Consequently, it was found that the diameter of pipeline is  a dominant cost factor and the total capital cost of an open outfall system can be approximately estimated only with the length and diameter of the brine discharge pipe. This study also confirmed the fact that the trade-off between the two variables made the capital cost fluctuate. Based on the results, further research for the cost analysis on brine disposal system is required to optimize an eco-friendly open outfall system.