The aim of this study was to investigate the effect of rainfall and hydrological factors in increase or decrease variability of green-tide and prolonged algae alert system (AAS), studied and analyzed the current situation of AAS has been operating for 19 years(1997-2015) in Daecheong Reservoir. The total issued number of AAS was 46 times, the most frequent period in August and September were 22 times (752 days) and 16 times (431 days), respectively, it accounted for 82.6%. The issue of AAS was strongly related to the with and without of spillway discharge. The spillway discharge had a total of 25 times, it was maximum 17 days from July to September in the year. And the opening times and each duration of the watergate were 1-4 times and the range of 3-37 days, respectively. When the watergate opened, the issue of AAS was maintained to 13 years and the movement of water bodies and green-tide was great about five times than that of non-open, had a profound effect on prolonged AAS within reservoir. AAS will be operated by an absolutely consider the rainfall and hydrological effects around the spillway discharge.