The changing ocean has been under intensive consideration due to many alarming conditions such as decreased fisheries production, oxygen depletion, and acidification. Coastal marine ecosystems is the most important part for ocean health and also for human community. The coastal area, however, has been recognized as one of the most vulnerable areas due to multiple stressors including various anthropogenic impacts as well as natural variabilities. The ecosystem resilience is one of important parts to secure sustainable marine environment. Examining ecosystem function and structure is essential and important to understand the resilience or the phase shift of target ecosystem. Stable isotope analysis (SIA) has been used as a useful tool to reveal trophic interactions of biological community. This paper described trophic structures of marine coastal ecosystems, various environmental impacts on target ecosystem, and recovery of impacted ecosystem. Firstly, I shortly reviewed ecological studies conducted in subtidal rocky shore ecosystem as a case study. Rocky shore ecosystem is the main habitat of commercially important benthic organisms such as abalone and sea urchin. Natural diets, ontogeny, species interactions, and food web structure in abalone habitat were reviewed from recent stable isotope studies performed in Japan. The recent on-going researches in Korean coastal waters were introduced, comparing with the case study. Secondly, I described several studies on environmental impacts on coastal ecosystems of both natural and anthropogenic stressors. Climate change, tsunami, water resources management, and marine sand mining were considered. SIA was a useful and promising tool for these impact assessment studies, making ecosystem-based considerations possible. Finally, lessons and insights from presented studies were discussed and further studies using SIA were suggested to better understand coastal ecosystem resilience and to get sustainable ecosystem services from co