Climate change is one of the biggest threats facing not only humanity but also ecosystem in nature. Water resources management in trans-boundary river watersheds is much more difficult due to the lack of data such as hydro-climate data, information and operation rules of hydraulic structures, water management plan and so on. Two trans-boundary river watersheds (Han River and Imjin River watersheds) are located in both South and North Korea, but more than 50 percent and upstream parts of watersheds are located in North Korea. For this reason, South Korea has been struggling to manage water resources in such trans-boundary rivers in both flood control and water conservation. Furthermore, climate change accelerates water-related disasters such as floods and droughts, and environmental damages such as water quality, ecology, habit for ecosystem. This study investigate the climate change impacts on water resources analyzing based on annual, seasonal and extremes of precipitation. From this study, it is found that the changes of annual precipitation and annual 1-day maximum precipitation (100-year return period) values in upstream of trans-boundary river watersheds (mostly belong to North Korea) at the end of 21st century are much higher than downstream