The anthropogenic activities in offshore marine environment have been increasing and often gave wide and long adverse effects over marine ecosystems. These impacts can be induced via various ecological pathways and be detected from whole marine ecosystem and/or its ecological components. Marine biological production is likely to largely rely on ecosystem conditions and there are increasing concerns of multiple stressors affecting the coastal resilience. Those stressors could induce cascade effects on marine ecosystems through trophic linkages. The linkage between offshore and coastal ecosystems is also important to understand environmental impacts of offshore anthropogenic events on marine environments. Coastal sand mining is one of relatively long and remarkable anthropogenic activities in Korean coastal waters. Mining activities produce relatively fine large suspended sediments in surface waters following on-board screening process of raised bottom sand. These mining processes are likely to affect ecosystem structures through direct disturbances on microbia community and benthic community. Fish community around mining area has been concerned about changed ecological structures via trophic linkages. This study were performed to detect any ecological impacts of sand mining activities in southern coastal waters of Korea. Both microorganism and macroorganism communities were examined using NGS technology and stable isotope analyses, respectively. The composition and diversity of microorganisms were described. Novel gene families with representatives only within such metagenomic datasets represented a large proportion of the ocean metagenome. The presence of so many new gene families from these uncultured and highly diverse microbial populations implies  possible impacts by sand mining. Trophic linkages from POM to larges fishes were described and fish assemblages were compared between coastal and offshore sites in terms of fish compositions and trophic structures.