One of the issues that national water are facing when decommissioning water samples from rivers and lakes is the inability of water supplying facilities to provide immediate, accurate, and on-time images for the key decision managers of water management organizations. In order to monitor the sites efficiently, it is helpful to rapidly and inexpensively identify bio-contaminated water. One technique that shows promise to assess a water’s contamination level is Hyper Spectral Imaging Microscopic (HSI-Micro). HSI Micro is an approach that couples fluorescence & luminesce microscope with ultra violet optics and a hyper spectral based imaging Fourier system to characterize physical samples. The HSI-MICRO system scans collected samples and records the object-by-object hyper-spectra for the wavelength region of 395-1000 nm. The image is then digitized and pixel-by-pixel hyper-spectral information is collected. Micro-organism sizes and morphology information are also recorded. In this research, all algae were separated using pre-classification. Each family was obtained in this research by eight groups (Chlorophyta: 3 groups, Cyanophyta: 1 group, Diatom: 4 species). The HSI is based on hyperspectral imaging technology that provides high resolution; higher accuracy; high sensitivity. The image illustrates the H.S.I remote sensing missions, enabling the detection of algae growth in a specific location in a river at a very early stage.