The global ocean has been under various environmental stressors, and ecosystem resilience became one of important and urgent topics to be well sustained. Coastal ecosystem including part of offshore ecosystem has been remarked as the most dynamic and often vulnerable environment under land-based human activities and coastal developments as well as climate forcing. In these contexts, marine microbial communities could be an important indicator to show the marine conditions affected by these complex forcing stressors. Generally, microbial life thrives throughout the marine biosphere, and microbes have adapted to all the divergent environment present. The Next Generation Sequencing (NGS) technology is a promising tool to examine the ecological traits of microorganisms. Also large scale DNA sequence-based approaches have recently been used to investigate the marine environment and these studies have revealed that the oceans harbor unprecedented microbial diversity. In this study, the seawater and soil were collected from Korean coastal areas including marine sand mining areas. DNA sequencing was conducted from the V3-V4 region of 16S rRNA amplicon. NGS analysis successfully described the composition and diversity of microorganisms using NGS. Novel gene families with representatives only within such metagenomic datasets represented a large proportion of the ocean metagenome. The presence of so many new gene families from these uncultured and highly diverse microbial populations implies high diversity of microbial community and possible enforced impacts by marine sand mining. The present study highlights both recent achievements and challenges in the biology and biochemistry of the ocean environment.