The members of the Closteriineae represent a lineage of Conjugatophyceae (= Zygnematophyceae) known for their structural diversity and unusual mode of sexual reproduction, conjugation. Most species are lunate, some being spindle shaped cells without a narrow midregion or isthmus but with a slightly broad midregion where the nucleus is located. These algae are ubiquitous in freshwater environments, where they are often important primary producers, but few studies have investigated evolutionary relationships in a molecular systematic context. To understand taxonomy and molecular phylogeny of the genus Closterium, we examined morphological characteristics using LM and analyzed molecular data from nuclear SSU rDNA and the 1506 group I introns sequences. Bayesian analysis of the gene data revealed that Closterium was strongly supported as monophyletic. The Closteriineae was not monophyletic. The Peniaceae within the Closteriineae and Desmidiaceae within in Desmidiineae were more closely related. These findings have important implications for the evolution of structural characteristics in the group and will require some taxonomic changes. The molecular phylogenetic analysis was not fully resolved but was largely congruent with previous taxonomy. More work will be required to delineate lineages of Closteriineae and to identify structural synapomorphies for some of the newly added species.