The purpose of this study was modeling the effect of flushing discharge for algae removal by multi-purpose weir operation in Yeongsan River(Seungchon Weir) using 3-dimensional model. The chlorophyceae Eudorina sp. formed bloom in May 2013, flushing discharge was conducted in two different ways for the purpose of algal bloom reduction. To gain understanding of the spatial variability, a higher resolution 3D model, ELCOM?CAEDYM, was used to simulate the spatial variations of water quality and chl-a for one month. The results showed that ELCOM?CAEDYM is capable of reproducing highly spatially resolved field data at low cost, and showed very good performance in simulate the pattern of algal bloom occurrence. The effect of each flushing discharge operation was analyzed with the modeling results. The results of case1, flushing discharge using movable weir open, shows algal bloom occurred between Seochang Bridge and Hwangryong River junction is rapidly flushed after operating movable weir, but the residual algae remained in the weir pool as discharge reduced. However, the results of case2, fixed weir overflow with small hydropower stop, it was shown that most of algae removed after flushing discharge and the effect of algae removal was much bigger than case1, as modeling results and observed data.