For successful and efficient operation of the navigation channel, various water management schemes including flood control, flow circulation, water quality management, ice problem, and sediment control are necessary. Especially flood control requires flood level computation considering operation of the hydraulic structures such as weir, flood gate, and storage area. To support decision making for operation of the Gyeong-in Ara waterway, components of water management system especially for flood control have been developed using HEC-RAS. HECRAS is to estimate water level variations in navigation waterway based on the hydrograph computed from HEC-HMS. Various boundary conditions are specified for operation of the hydraulic structures and based on the simulation results it is possible to establish guidelines necessary for efficient flood control in the Gyeongin Ara waterway. This study applied HEC-RAS for the purpose of decision making to support operation of the waterway during flood. Especially operation of flood gate in the west sea should be able to consider tidal and flood level in the navigation channel simultaneously. For this boundary condition of the model is applied to consider operation of the hydraulic structure. Applying the flood event in September 2010 for model verification, simulated water level computed at the upstream and downstream of the regulation weir shows good agreement with observed data.