Climate change effects have been crucial concerns for important water resources such as fishery resources. Increasing extreme droughts and floods have caused severe impacts on human society as well as ecological community. Rising water security concerns induced many actions to manage water resources efficiently. Those management actions could change the natural water cycle in terms of both quality and quantity of incoming freshwater, which leads to adverse impacts on coastal ecosystems. However, coastal ecosystems are less frequently considered in water management plans. This paper describes water management efforts done in watersheds of Juam multi-purpose Dam (main Dam). These watersheds have been providing water supply for citizens downstream of the Dam and produced a lot of electricity by the hydroelectric power plant located at Juam Controlled Dam (sub Dam). These water management efforts lead to two different types of impacts on coastal ecosystem: the sub Dam has been criticized by giving a lot of deep and cold water to Suncheon Bay during its power-generating water release, while the main Dam has discharged decreased quantity of water to Kwangyang Bay due to the increased water use for power generation. Subsequently, the Juam watershed gave two different stressors to adjacent coastal bays, continuous cold water and decreased water inputs for Suncheon and Kwangyang Bays, respectively. With further discussion with other cases of water management actions, this paper suggests that recent water resources management should give more attention to coastal ecosystems changed by water inputs after water management actions.