Increasing concerns have been given to global water issues such as water crisis and water security. Water resource management plans have been adopted as important and effective measures to deal these water issues. Management actions can give environmental impacts on coastal areas via various ways such as changing freshwater input. Recently freshwater inputs to coastal ecosystems have been recognized as one of key stressors. Coastal areas have become more important as a buffer or transition zone in river-to-offshore ecological connectivity. However, most of water resource management plans have given less attention to consider environmental effects to coastal areas. There are various types of freshwater discharge into coastal ecosystem and possible local multiple impacts are left poorly understood. There are few understanding of estuarine environment under recent changes in marine ecosystems such as climate change effects. This study presents several types of freshwater discharge into coastal area and their different impacts on coastal environment. Three different types of coastal bays were compared with their incoming freshwater discharges considering water management actions done in those coastal areas. Suncheon Bay has been impacted by year-round continuous freshwater inputs from the Juam Controlled Dam which is located upstream and discharges deep water with low and relatively constant water temperature. Sacheon Bay has been influenced by short but strong freshwater impacts during only rainy season discharge from Nam-gang Dam upstream. Thai Bay has been impacted by severe flood and upstream areas are seriously affected by the big flood. On-going water management plan includes the possible change of water channels both to prevent serious further floods and to mitigate coastal impacts by incoming freshwater. We discussed how freshwater input could play a stressor on coastal ecosystem.