Several bodies of surface water in the Republic of Korea were surveyed for the presence of hepatitis A virus (HAV), between 2007 and 2010. Out of 265 surface water samples, 9 (3.4%) were HAV-positive. HAVs were mainly detected in the summer (3/62, 4.8%) and spring (4/96, 4.2%) seasons. Comparing different water sources, the highest prevalence (6.6%) of positive samples was seen in lake water, with four HAV-positive samples from lakes. Comparing prevalence rates across the four representative Korean basin systems, no HAVs were found in the Han or Nakdong river basins, the highest HAV prevalence was seen in the Yeongsan river and other basins (6.3%), and the Geum/Seom river also showed a high HAV prevalence (5.7%). HAVs from the nine positive samples were then sequenced and analyzed phylogenetically. Two of the HAVs belonged to genotype IA and fell within the same cluster as HAVs 6-3(ASAN4) (EU049548), KANSAN-PS1 (EU049554), and ASAN-KM (EU049563), which were collected from the stool of patients with gastroenteritis in Korea. The seven other HAV nucleotide sequences belonged to the genotype IB cluster. This is the first nationwide surveillance of HAV in major Korean water sources.