Coastal ecosystems have become more important as a buffer or transition zone in river-to-offshore ecological connectivity. As water security has become an urgent global issue and many water management actions are made in coastal areas, freshwater inputs to coastal ecosystems have been recognized as one of the important key stressors. However, there are various types of freshwater discharge into coastal ecosystem and possible local multiple impacts are still left poorly understood, especially in comparison with recent changes in marine ecosystems, e.g. due to climate change effects. Many water management actions such as dam construction have been performed in Korea due to restricted large precipitation seasons and poor water security (water shortage). This study aims to evaluate seasonal impacts of dam discharges in two different bays using field observations and numerical modeling. Suncheon Bay has been impacted by year-round continuous freshwater inputs from the Juam Controlled Dam which is located upstream and discharges deep water with low and relatively constant water temperature. Sacheon Bay has been influenced by short but strong freshwater impacts during only rainy season discharge from Nam-gang Dam upstream. Our results indicated that Suncheon Bay could be affected by both cold water input (summer) and warm water input (winter) implying seasonally different thermal impacts. Sacheon Bay appeared to receive heavy freshwater stressor over the whole bay area during short periods. Our study highlights that coastal freshwater inputs can be multiple stressors on marine ecosystems giving possible mitigation effect on local scales.