Food poisoning by noroviruses (NoVs) is a constant concern in Korea [1,2]. Recent examples of large-scale outbreaks include 194 students on a field trip to Jeju island, and about 3,000 people who were treated for food poisoning after eating at a food service institution in a metropolitan area. In the present study, we investigated the occurrence of NoV in 265 samples from 89 locations between February 2007 and September 2010. In addition, we performed a molecular characterization of the NoVs found in the surveillance. The occurrence of human norovirus (NoV) genogroup I (GI) and genogroup II (GII) strains were investigated between 2007 and 2010 in Korea. NoV GI was detected in 4.5% and NoV GII in 1.5%. Samples collected in winter had the highest occurrence; 9.4% for NoV GI and 6.3% for NoV GII. NoV GI detection was highest in groundwater, next highest in river water, and lowest in lake water (5.9%, 5.4%, and 1.6%, respectively), and NoV GII was found only in river water. When three representative Korean basin systems (Han (H)-, Geum/Seom (G/S)-, and Nakdong (N)-river basins) were compared, both NoV genogroups were high in the G/S-, but absent in the H- river basin. Only one GI NoV was found in the N-river basin. The most prevalent genotypes within the GI and GII groups were GI.5 and GII.4, respectively. This is the first nationwide surveillance of NoV in major Korean water sources.