Microbial fuel cells (MFCs) have been applied to generate electricity and treat wastewater using various electron acceptors. Many researchers have studied on recovered useful materials as well as removed certain contaminants. This study was aimed for analyzing the effect of the ammonium ion in the anolyte of the bio-cathode MFC which use nitrate as final electron acceptor on nitrate reduction and current density. The two-chamber bio-cathode MFC was constructed from acryl and working volume of anodic and cathodic camber was 360mL each. Anode and cathode were made of a graphite felt which area was 36 cm2 each. When ammonium ion was in the anolyte, ammonium ion was transported by 0.1±0.02 mg/L/hr through a membrane from the anodic to the cathodic chamber. It was due to the concentration-dependent diffusion and electron charge balance. During the bio-cathode MFC was operated with 100 mg/L of COD in the anodic chamber and 40 mg/L of nitrate in the cathodic chamber at external resistance 100 ohm, nitrate reduction rate (NRR) was higher when ammonium ion was existing in an anodic chamber, NRR were 0.34±0.02 mg/L/hr(existence) and 0.12±0.01 mg/L/hr (nonexistence), respectively. Current density was 189.6±17.7 mA/m2 with NH4-N in anolyte and was 27.1±7.85 mA/ m2 without NH4-N in anolyte. As a result, it was assumed that NH+-N transported from the anodic to the cathodic chamber was promoted movement of electrons and nitrate reduction.