Managed aquifer recharge systems such bank filtration and artificial recharge and recovery have been recognized as an effective barrier in the multi-barrier approach for the attenuation of organic micropollutants such as pharmaceuticals and estrogens. However, there are only a few studies on the fate of silver nanoparticles during soil passage. It is also important to investigate the toxicity of silver nanoparticles during soil passage, as this issue has not been addressed in previous managed aquifer recharge studies. The goal of this study is to investigate the fate of silver nanoparticles during riverbank filtration. (1) To investigate the fate of organic matter characteristics during managed aquifer recharge using advanced organic matter characterization tools; (2) To investigate the effect of effluent organic matter on the fate of silver nanoparticles during soil passage; (3) To determine the reduction of toxicity determined by fluorescence producing bacteria (vibrio fischeri) via soil passage. Column experiments were then performed and fed with river water collected from Tancheon River in Seoul, Republic of Korea. This study showed that biopolymer fraction in bulk organic matter was effectively removed during soil passage.