A number of factors such as severe dredging, reclamation, sea water level rise and flow condition changes are known to have influenced the natural salinity gradient in the Seomjin River Estuary in Korea, affecting the habitat conditions of Corbicular spp., brackish water seashell. In this study, the effects of flowrates on salinity distribution was studied by employing CE-QUAL-W2, a vertically averaged 2-dimensional model, in order to examine if suitable habitat conditions for Corbicular spp. could be restored with increased inflow from upstream. First, two scenarios were tested under two different river bed conditions of year 1975 and 2003 to represent conditions before and after major river bed level changes. The results showed that the maximum distance (measured from the estuary mouth) of 20 psu, a maximum salinity suggested for suitable inhabitation of Corbicular spp., increased by 6.5 km under the river bed condition of year 2003 compared with that of year 1975 condition. This result implies that severe decrease in river bed level due to dredging could have resulted in unsuitable habitat conditions around the estuary region. Then, the effects of increased flowrates on restoring the habitat condition were examined based on the river bed condition of year 2003. The results indicated that although the maximum salinity line could be pushed down to some extent with increased flowrates, it would be quite difficult to restore the salinity conditions to the level expected under the condition of year 1975 within a reasonable flowrate increase.