The occurrence of hepatitis A virus was investigated between 2007 and 2010 in Korea. Out of 265 samples, 9 (3.4%) were HAV-positive. HAVs were mainly found in the summer season (3/62, 4.8%) and the spring season (4/96, 4.2%). Comparing different water sources, the highest prevalence (6.6%) of positive samples was obtained from lake water, with four HAV-positive samples represented. Comparing prevalence rates across the four representative Korean basin systems, no HAVs were found in the Han (H)-river and the Nakdong (N)-river basin. The Yeongsan-river and other basins had the highest HAV prevalence (6.3%). The Geum/Seom-river also showed a high HAV prevalence (5.7%). Two HAV nucleotide sequences belonged to the genotype IA cluster and fell within the same cluster as HAVs 6-3(ASAN4) (EU049548), KANSAN-PS1 (EU049554), and ASAN-KM (EU049563), which were collected from the stool of patients with gastroenteritis in the Republic of Korea. Seven HAV nucleotide sequences formed a genotype IB cluster. This is the first nationwide surveillance of HAV in major Korean water sources.