본 연구는 한강(강천보)과 낙동강(강정보-하구둑)을 대상으로 2009년 12월부터 2012년 12월까지 지 계절별로 조사하였고, 2011년 11월부터 12월까지 4대강 수계 16개 다기능 보를 대상으로 주간 모니터링 하였다. 4대강 보구간은 종전까지 강의 유수생태계(lotic ecosystem)이었으나 현재는 하천형 저수지의 반정수생태계(semi-lentic ecosystem)로 변화되었다. 따라서 수생태계를 구성하는 요소의 비율에서 대체적 변화가 예상되고 있으며, 흐름과 수체적을 고려할 때 보 또는 구간별로 다소 차이는 있겠으나 전반적으로 하천과 저수지의 복합적인 생태계로 전개될 가능성을 전망해 볼 수 있겠다. 수질 부영양화 및 그 결과는 수온과 관련성을 보여 여름철로 갈수록 악화되었고, 장마 이후에 개선 또는 감소하는 양상을 보였다. 반면에 낙동강의 강정고령보-창녕함안보 구간은 5-10℃이하에서 높은 농도를 보였고, 영산강의 2개보는 연중 높은 생물량을 기록하는 형태도 볼 수 있었다. Chlorophyll-a의 평균농도로 비교한 수질은 영산강(45.8 mg/m3)>금강(29.9 mg/m3)>낙동강(23.3 mg/m3)>한강(17.3 mg/m3) 순으로 감소하였고, 영산강의 승촌보(52.7 mg/m3), 죽산보(45.8 mg/m3)와 낙동강의 강정고령보(25.5 mg/m3)-창녕함안보(35.7 mg/m3) 구간 및 금강의 세종보(27.6 mg/m3), 공주보(33.4 mg/m3), 백제보(28.6 mg/m3)가 다소 부영양 상태를 상회하는 것으로 평가되었다. 한강은 총 60속 136종, 낙동강은 65속 162종으로서 다른 분류군에 비해 규조류와 녹조류가 많이 관찰되었다. 남조류는 9-14종, 그 외 분류군은 1-3종으로 구성되었다. 4대강 수계에서 각 보별 식물플랑크톤의 월별 우점종을 정리한 결과 총 24종으로 요약되었고, 수질과 계절적 생태특성이 현저하게 반영되었다. 식물플랑크톤 생물량과 종조성은 상류에서 하류로 갈수록 많았고, 강우-유량효과와 오염하천 영향에 의해 세포밀도의 증감이 뚜렷하였다. 특히 장마기의 강우시기, 크기, 기간 등 패턴에 따라 식물플랑크톤의 후 발생양상이 다소 상이하게 나타나는 것으로 관찰되었고, 최근 물환경 분야에서 이슈가 되고 있는 기후변화, 이상기후의 자연적 영향 등에 의한 내용으로 볼 때 지속적인 후속 모니터링이 필요한 것으로 사료된다. 그리고 수질예보제 운영, 조류경보제 적용 등 다기능 보의 물환경 관리에 대한 몇가지 고찰과 최적화 방안을 제언하고자 하였다.