본 연구는 4대강에 건설된 보를 중심으로 조사되었다. 한강(강천보)과 낙동강(강정보-하구둑)을 대상으로 2009년 12월부터 2012년 12월까지 계절별로 모니터링하였고, 2011년 11월부터 12월까지 16개 보를 대상으로 하였다. 수질 부영양화의 결과는 수온과 관련성을 보여 여름철로 갈수록 악화되었고, 장마 이후에 개선 감소하는 양상을 보였다. 반면에 낙동강의 강정고령보-창녕함안보 구간은 5-10℃이하에서 높은 농도를 보였고, 영산강의 2개보는 연중 높은 생물량을 기록하는 형태도 볼 수 있었다. Chlorophyll-a의 평균농도로 비교한 수질은 영산강(45.8 mg/m3)>금강(29.9 mg/m3)>낙동강(23.3 mg/m3)>한강(17.3 mg/m3) 순으로 감소하였고, 영산강의 승촌보(52.7 mg/m3), 죽산보(45.8 mg/m3)와 낙동강의 강정고령보(25.5 mg/m3)-창녕함안보(35.7 mg/m3) 구간 및 금강의 세종보(27.6 mg/m3), 공주보(33.4 mg/m3), 백제보(28.6 mg/m3)가 다소 부영양 상태를 상회하는 것으로 평가되었다. 한강은 총 60속 136종, 낙동강은 65속 162종으로서 다른 분류군에 비해 규조류와 녹조류가 많이 관찰되었다. 남조류는 9-14종, 그 외 분류군은 1-3종으로 구성되었다. 4대강 수계에서 각 보별 식물플랑크톤의 월별 우점종을 정리한 결과 총 24종으로 요약되었고, 수질과 계절적 생태특성이 현저하게 반영되었다. 규조류는 Aulacoseira, Cyclotella, Fragilaria, Melosira, Navicula, Stephanodiscus 및 Synedra속 계열이 주종을 이루었고, 남조류는 Anabaena, Merismopedium, Microcystis, Oscillatoria 및 Phormidium속, 녹조류는 Actinastrum, Coelastrum, Eudorina, Pandorina, Pediastrum, Scenedesmus 및 Volvox속과 그 외 은편모조류가 2종 포함되었다. 식물플랑크톤 생물량과 종조성은 상류에서 하류로 갈수록 많았고, 강우-유량효과와 오염하천 영향에 의해 세포밀도의 증감이 뚜렷하였다. 특히 장마기의 강우시기, 크기, 기간 등 패턴에 따라 식물플랑크톤의 후 발생양상이 다소 상이하게 나타나는 것으로 관찰되었고, 최근 물환경 분야에서 이슈가 되고 있는 기후변화, 이상기후의 자연적 영향 등에 의한 내용으로 볼 때 지속적인 후속 모니터링이 필요한 것으로 사료된다. 또한 4대강 보구간은 과거에 강의 유수생태계이었으나 현재는 하천형 저수지의 정수생태계로 변화되었다. 따라서 수생태계를 구성하는 요소의 비율에서 대체적 변화가 예상되고 있으며, 흐름과 수체적을 고려할 때 보 또는 구간별로 다소 차이는 있겠으나 전반적으로 하천과 저수지의 복합적인 생태계로 전개될 가능성을 전망해 볼 수 있겠다.