본 연구는 낙동강 수계 보의 조류 성장특성을 반영한 최적 조류 제어 방안을 마련하기 위하여 수질분석 및 조류발생 현황을 분석하였다. 조사지점은 낙동강 수계 8개 다기능 보(상주보, 낙단보, 구미보, 칠곡보, 강정고령보, 달성보, 합천창녕보, 창녕함안보)를 대상으로 하여, 2012년 1월부터 2012년 12월까지 주 1회 조사하였다. 수온, DO, conductivity등 기초자료 수질항목은 현장측정 하였으며, NH4-N, NO3-N, PO4-P, SiO2-Si 영양염 항목을 분석하였다. 낙동강 수계 보에 위치한 주요지점별 수질 분석결과 상류에 위치한 보가 하류 보에 직접적인 영향을 주는 것으로 타나났으며, 주요 유입하천(감천, 금호강, 황강, 남강)의 영향이 지배적으로 나타났다. 또한 조류 증감에 직접적인 영향을 주는 물리적 요인으로 강우, 수온 등이 주요하였다. 특히 오염하천과 점오염원의 유입 직하류 지점에서 발생된 조류는 오염원 부근에서 인(P)을 과잉 저장한 후 하류로 유하하면서 성장하는 특성이 나타났다. 우점조류는 규조류 6종(Aulacoseira granulata, Cyclotella meneghiniana, Fragilaria crotonensis, Stephanodiscus hantzschii f. tenuis 등), 남조류 4종(Anabaena sp., Microcystis aeruginosa, Oscillatoria sp. 등), 녹조류 7종(Actinastrum hantzschii, Eudorina elegans, Pediastrum duplex 등), 은편모조류 2종(Cryptomonas spp., Rhodomonas sp.)으로 총 19종이 출현하였다. 봄철 저온성 소형 규조류가 우점한 후 수온이 상승함에 따라 대형 규조류와 녹조류로 천이된 후 남조류로 천이 되며, 수온이 하강함에 따라 대형 규조류와 녹조류로 천이가 일어난 후 저온성 소형 규조류로 천이되었다. 또한 8개보의 조류패턴 집괴분석 결과 수질 특성이 유사한 보별로 그룹화 되었으며, 상류의 보가 하류 보에 직접적인 영향을 미치는 경향이 나타났다. 이러한 수환경 관리를 위하여 주요 유입지천의 수질모니터링을 보다 강화할 필요성이 있고, 조류발생 관리를 위하여 징후 포착 지점에 초기방제 시행으로 사전대응 및 확산방지가 필요할 것으로 판단된다.