The occurrence of human norovirus (NoV) genogroup I (GI) and genogroup II (GII) strains were investigated between February 2007 and September 2010 from 265 water samples taken from 89 locations in Korea. NoV GI was detected in 4.5% and NoV GII in 1.5% of these samples. Samples collected in winter had the highest occurrence; 9.4% for NoV GI and 6.3% for NoV GII. Annual NoV GI occurrence was highest in 2008 (7.0%) and GII occurrence was highest in 2010 (5.4%). NoV GI detection was highest in groundwater, next highest in river water, and lowest in lake water (5.9%, 5.4%, and 1.6%, respectively), and NoV GII was found only in river water. When three representative Korean basin systems (H-, K/S-, and N-river basins) were compared, both NoV genogroups were high in the K/S-, but absent in the H- river basin. Only one GI NoV was found in the N-river basin. The most prevalent genotypes within the GI and GII groups were GI.5 and GII.4, respectively. A phylogenetic analysis revealed that the NoVs were transmitted through a typical fecal-oral route. This is the first nationwide surveillance of NoV contamination levels in major Korean water sources, and found that the levels were not particularly high.