Human adenoviruses (HAdVs) are an important cause of acute gastroenteritis in children. However, few studies on the epidemiology or serotypes of HAdVs associated with acute gastroenteritis have been conducted in Korea. Therefore, we aimed to examine the incidence of HAdV in 2,064 stool samples from Korean children hospitalized with acute gastroenteritis (2004?2006) and to determine the genotype of the viruses. Polymerase chain reaction, sequencing, and phylogenic analyses revealed that 113 samples (5.5%) were HAdV-positive. While HAdVs were mainly detected during July to October, no seasonal difference in the incidence of HAdV was observed between the enteric and non-enteric viruses. HAdV-41 and HAdV-40 were found in 54 (47.8%) or 3 (2.6%) HAdV-positive samples, respectively. HAdV-3, HAdV-7, HAdV-2, HAdV-31, HAdV-4, and HAdV-37 were detected in 11 (9.7%), 5 (4.4%), 2 (1.7%), 2 (1.7%), 1 (0.8%), and 1 (0.8%) sample(s), respectively. Thus, not only enteric but non-enteric HAdVs may play an important role in acute gastroenteritis among Korean children.