The distribution characteristics of Enterococcus spp. were investigated at 33 sites within the 3 major water systems of Korea. Enterococci were detected at concentrations ranging from 1 to 37 CFU/100 mL in 41 of 132 samples (31.1%) from the 3 major water systems. The overall average detected concentration was 1.2 CFU/100 mL, while the average concentration for all detection sites was 5.3 CFU/100 mL. After optimised multiplex polymerase chain reaction (PCR) was performed with newly developed VanA, VanB, VanC-1, and VanC-2/3 primers, concentrations of vancomycin-resistant Enterococcus spp. (VRE) ranging from 1 to 23 CFU/100 mL were detected in 17 of 132 samples (12.9%). Of 216 individual enterococcal colonies, 64 (29.6%) displayed the VanC genotype. The results of a susceptibility test to vancomycin showed that the range of the minimal inhibitory concentration (MIC), an indicator of bacterial resistance, was 4 to 24 ?g/mL, with the average MIC at 9.2 ± 4.5 ?g/mL. Of the bacterial isolates, 1 colony with the VanC-1 genotype was identified as E. gallinarum by 16S rDNA sequencing, whereas the other 63 colonies had the VanC-2/3 genotype and were identified as E. casseliflavus.