국내 최초의 운하사업인 경인아라뱃길은 서해와 한강수를 주운수로 내로 유입하여 목표수질을 유지하고자 하는 유수소통계획을 가지고 있다. 본 연구는 최근 2년간 경인아라뱃길 유입수인 서해, 한강하류, 굴포천을 조사하여 이화학적 및 생물학적 수질 특성을 파악하고, 뱃길 내 최적 수질 및 수생태 관리를 위한 기초자료를 제공하고자 수행되었다. 주요 관리대상 수질항목은 DO와 Chl-a로 선정되었으며, 대상기간의 DO 농도분포는 한강, 굴포천, 서해에서 각각 10.6mg/L(4.4～16.3mg/L), 4.3mg/L (0.5～9.7mg/L), 9.8mg/L(6.6～14.9mg/L)로, 굴포천에서 가장 낮은 DO분포를 나타내었다. 하수처리장 방류수 및 유입지천으로부터 고농도의 오염물질이 지속적으로 유입되고 있어 굴포천에서는 DO 농도가 2.0 mg/L 이하의 매우 낮은 농도 분포를 나타내기도 하였다. Chl-a 농도 분포는 한강에서 28.1μg/L(1.7～89.6μg/L), 굴포천에서 15.7μg/L(2.7～44.4μg/L), 서해에서 4.3μg/L(0.8～13.7μg/L)로 나타났고, 매년 2～3월에 Chl-a 농도가 약 42.4～89.6μg/L 범위로 높은 농도를 나타내는 특성을 보였다. 또한 대상기간동안 조사지점에서 검경된 식물 플랑크톤은 총 57속 93종으로 분류되었고, 시공간적 출현 특성이 현저하게 나타났다. 계절적으로 각 유입수의 우점종은, 한강에서는 봄에 Fragilaria crotonensis가 우점하였으며, 여름과 가을에는 Aulacoseira granulata, 겨울에는 Synedra acus가 우점하였다. 굴포천에서는 봄에 Oscillatoria geminata, 여름에 Aulacoseira granulata, 가을에 Stephanodiscus hantzschii, 겨울에 Microcystis sp.가 우점하는 것으로 조사되었고, 서해에서는 모든 계절에 Skeletonema costatum이 우점하였다. 이러한 조사결과를 바탕으로 갈수기 또는 봄철 한강수로부터 유입되는 조류에 대한 집중관리가 필요할 것으로 사료되며, 수생태의 안정적 환경조성을 위해서는 홍수기 낮은 용존산소로 유입되는 굴포천의 관리대책이 필요할 것으로 판단되었다.