The main watercourse of Gyeong-in ARA Waterway had been planned to be operated as an artificial brackish water zone where seawater and freshwater intermix. However, we face uncertainties in the water quality and aquatic ecosystem management as we are without any water quality standards and canal operation and management experiences in Korea. We have conducted a study to develop the water quality management scheme of the Gyeong-in ARA Waterway. This scheme includes the control of eutrophication, algal bloom and other influences on the ecosystem. The results of the study showed that the quality of water environment of the inflow into the waterway was in the order of the West Sea, Han River and Gulpo-cheon River and that intensive management of the inflow in the basin of Gulpo-cheon River is necessary in case of floods. The 3D hydraulic model, EFDC, and water quality model, WASP, were applied to calculate the amount of inflow for optimal water quality management, and we determined that it is the best to maintain the ratio of seawater and fresh water at 2:1. However, since there is a significant temporal and spatial variations in the water quality of the Han River compared to the West Sea, we found it necessary to establish a separate operation plan to control the amount of inflow according to the seasons. The important factors in water quality management during the operation of Gyeong-in ARA Waterway include salinity, Chl-a, DO and COD, and a water quality conservation measure was established for each factor. Six air diffuser systems recommended to meet the problem of low oxygen and the locations of each facility were determined through the prediction of DO distribution. Also, a real-time water quality monitoring will be reinforced by establishing 6 TMS, 74 non-point source pollution reduction facilities, including 5 artificial wetlands, which will be essential to facilitate the water quality management and amenity for the public.