This study evaluated the usefulness of the membrane filtration method and the enzymatic method for the enumeration of Enterococcus sp. in aquatic environment applications. Various concentration of Enterococcus were spiked in the distilled water and the sterilized source water, and the results of two methods were compared. When Enterococcus were inoculated in the distilled water, the recovery rate of the enzymatic method and the membrane filtration method were 84.5% and 100.9%, respectively, and the correlation coefficient was high (R2=0.928). However, in case of sterilized source water, the detection recovery rate of the enzymatic method was about 50% of the recovery rate of the membrane filtration method. In order to test the applicability of the enzymatic method for the enumeration of Enterococcus sp. in field samples, the twenty source water samples were analyzed and compared by using two methods. Nine samples (45%) were Enterococcus positive by the enzymatic method and ten (50%) were positive by the membrane filtration method. The positive ratio was similar but the false positive were observed in the positive samples by the enzymatic method. These results suggest that the enzymatic method may not be useful the enumeration of Enterococcus sp. in Korean source water and further studies for the application of the enzymatic method are needed.