Various conditions such as creation of inhabiting environment, prevention of point- & nonpoint pollutants, and appropriate flow are required in order to maintain and restore a stream health (Gore et al., 1989). Among them, the flow is a basis in physical, chemical, and biological factors relating with aquatic ecosystem (Bunn and Arthington, 2002; Nilsson and Syedmark, 2002). Currently, importance of environmental flow considering aquatic ecosystem is magnified with increase of national and social interest on ecosystem and environment. However, objective data are almost absent from fish study on establishment of quantitative investigation and estimation of environmental flow. In the past, domestic investigations on fish focused on only taxonomy, distribution, and fauna in streams or rivers. Therefore, physical conditions (preference of depth, velocity, and substrate) on microhabitat of each species were not examined. The species of Gobiobotia nakdongensis is known as the 1st-class endangered species, and their population and distribution are getting reduced. However, there is scarcely information reported on characteristics of physical condition on their microhabitat (Kang et al., 2004). Therefore, it is necessary to investigate and find out it. Fish investigation was performed with cast net (7×7mm) and kick net (4×4mm) in Gam Stream, 1st tributary of Nakdong River during 2007 and 2009. In addition, substrate samples were collected in sites and were brought to a laboratory in order to find out substrate composition by sieve analysis. According to investigation of physical condition on microhabitat of endangered species, Gobiobotia nakdongensis, they prefer shallow (0.14~0.46 m, 0.239~0.585 m/sec) run than deep pool. In addition, they found on mostly sandy bottom comprising 1 percent of gravel (greater than 4.74 mm), 83.4 percent of coarse sand (greater than 0.425 mm), and 15.6 percent of fine sand (greater than 0.075 mm). The finding would be useful for not only conservation of their population but also restoration plan with appropriate flow.