The physical, chemical and biological characteristics of the water environment in a river have significant direct or indirect impacts on fish (Arthington et al., 2006). The physical characteristics such as water depth, flow velocity, substrate size, alignment of riffle and pool are important factors to the fish community and life cycle (Hur et al., 2009). These characteristics are related to flow rate and have a substantial influence on the composition of the biological community in a river (Bunn and Arthington, 2002). Changes in flow rate may often go so far as to threaten stabilized aquatic ecosystems (Ward, et al., 1999). Research on the habitats of fish have generally focused on ecological aspects, such as the structure of the fish community at a survey station. A study on the assessment of physical habitats was performed for Zacco platypus according to stream order, however basic data on the physical habitats for various species of fish required for river rehabilitation and restoration, are still insufficient (Hur et al., 2009).