The emerging compounds, which are Hexachlorocyclrohexanes (HCHs) and their metabolites, perfluorinated compounds, and brominated diphenyl ethers, of Persistent Organic Pollutants (POPs) were listed in the POPs treaty, 2009. POPs have been detected sometime in aquatic environment although the concentrations are significantly low level as ppt (ng/L). Because there are hydrophobic compounds, long range transport and dispersion throughout the environment. Therefore, in previous reports for POPs in environmental samples, it has been required to present strongly established accuracy using high-resolution gas chromatography coupled with a high-resolution mass spectrometric detector (HRGC-HRMS) (1). Recently, the new analytical method of POPs for the high-sensitivity and high-accuracy are reported using stir bar sorptive extraction (SBSE) and solid phase microextraction (SPME) coupled to GC-MS in ice and soils, executively (2-3). However, thus far very little information based on the use SBSE-GC-MS is available to environmental samples of POP compounds. In this study, therefore, the optimized analytical method of the POPs in the river water is performed by SBSE-GC-MS. This study provides valuable information to analysis the POPs in river water using other analytical methods.