본 연구는 생태적가치가 높은 동해안 석호의 환경특성을 가지고 있는 순포개 습지의 수질특성 및 평가를 통해 순포개 습지의 관리방안을 위한 기초자료로 활용하고자 하였다. 수질조사는 2009년 4월부터 10월까지 월 1회 주기로 습지내 4개 지점과 유입수 1개 지점의 표층수를 대상으로 수온, pH, 용존산소(DO), 부유성고형물(SS), 엽록소 a(Chl-a), 유기물(BOD, COD), 영양염류(TN, TP)를 조사하였다. 또한 수온, pH, DO 항목에 대해서는 6월에 24시간 동안 표층과 심층(80cm)을 대상으로 일주시 조사를 실시하여 하루 중의 수질변화를 알아보았다. 조사기간 동안 pH는 6.4～7.9의 범위로 5월에 가장 높고 7월에 7이하의 낮은 값을 보였으며, 습지내 pH가 유입수에 비해 높았다. 습지내 DO 농도는 5.6～11.1 mg/L의 범위로 봄에 높고 여름에 낮은 값을 보였다. 호소수 수질환경기준으로 볼 때 순포개 습지의 pH와 DO 농도는 생물이 서식하는데 양호한 것으로 나타났다. 전기전도도는 155～7,043μS/cm의 범위로 하류부로 갈수록 증가하는 경향을 보였다. 그리고 계절적으로는 7월에 가장 높은 값을 보였는데, 이 시기에 습지로 유입되는 강우를 배제시키기 위해 인위적으로 만든 물길을 통해 해수의 유입이 있었기 때문이며 이 시기의 습지는  일시적으로 기수환경의 특성을 가지게 될 것으로 판단된다. 식물플랑크톤의 현존량의 지표인 Chl-a 농도는 1.3～147.7㎍/L의 범위로 시공간적으로 큰 변동을 보였다. 계절적으로는 6월에 가장 높은 값을 보인 반면 7월에 가장 낮은 값을 보였다. 7월의 낮은 값은 염분도 분포에서 알 수 있듯이 습지로 유입되는 강우를 배제시키기 위해 인위적으로 만든 물길을 통해 식물플랑크톤의 현존량이 적은 해수의 유입이 있었기 때문으로 판단된다. 호소수의 Chl-a 수질기준으로 볼 때 순포개습지의 평균 수질은 IV～V 등급 수준을 보였다. BOD와 COD는 각각 1.7～18.3 mg/L와 9.0～29.80 mg/L의 범위로 6월에 높은 경향을 보였다. Chl-a와 COD와의 양의 상관관계(r=0.65)로부터 식물플랑크톤의 증식이 습지내 COD를 증가시키는 주요 원인으로 판단된다. 호소수의 COD 수질환경기준으로 볼 때 순포개 습지는 VI등급으로 유기물농도가 높은 것으로 나타났다. 순포개 습지의 TN과 TP 농도는 각각 0.33～27.2 mg/L와 0.079～2.210 mg/L의 범위로 질소와 인 모두 봄에 매우 높은 값을 보였으며, 특히 유입수의 농도가 매우 높았다. 습지내 평균 TN과 TP 농도는 각각 4.44 mg/L와 0.381 mg/L로 호수수질환경기준의 VI등급(매우 나쁨) 수준으로 식물플랑크톤의 대량증식을 가져올 수 있는 환경으로 볼 수 있다. 결론적으로 순포개 습지는 고농도의 영양염류의 유입이 습지내 식물플랑크톤의 대량증식에 가속화시키고 결국은 습지내 유기물양을 증가시키는 주요 요인으로 판단된다. 습지내 과도한 유기물의 축적은 장기적으로는 늪지화 또는 육지화되어 습지의 기능이 상실될 수도 있다. 순포개 습지의 체계적인 수질개선 방안을 위해서는 습지의 유기물생산 및 분해, 퇴적물 침전속도 등에 대한 정밀조사를 요구되어 진다. 또한 농경지로부터 유입되는 영양염류와 유기물 부하량 및 습지에 미치는 영향 등에 대한 연구가 차후 필요할 것으로 판단된다.