Groundwater has played an important role in economic development in Southeast Asian countries, but some problems caused by nature or human actions such as contamination, over pumping, and land subsidence bring the necessity of more systematic groundwater monitoring wells. The analytical hierarchy process (AHP) with pairwise comparison was used to allocate and organize the regional groundwater monitoring wells in five regions, Thailand, Cambodia, East/West Malaysia, and South Korea. Five different multi criteria decision models, which were composed of three primary criteria and eight secondary criteria, were developed based on the answers of the questionnaire from 76 groundwater experts in Thailand, 100 in Cambodia, 101 in East Malaysia, 102 in West Malaysia, and 93 in South Korea. It was revealed that the weights of model criteria for each country, which also represent relative importance on groundwater monitoring, were different according to the diverse groundwater situation. The most important factor to determine the number of monitoring well was ‘number of households using only groundwater as a water source’ for Thailand and South Korea, ‘number of contamination sources’ for Cambodia, ‘amount of groundwater use for drinking water supply’ for East Malaysia, and ‘number of wells with contaminated water’ for West Malaysia.