시화호로 유입되는 유입오염부하량 산정은 비강우시와 강우시 수질조사 자료와 각 유입하천 수위-유량곡선식을 이용하여 산정한 유량자료를 통해 산정하였다. 각 소유역별 수질항목에 따른 연간 유입오염부하량 비교분석 결과, 농업유역을 대표하는 반월-동화-남전천 합류지점을 통해 유입되는 SS 총 유입오염부하량은 13,851,537 kg/year로 공단유역 및 도심유역 하천과 비교할 때 매우 높은 값을 보였다. 농촌유역특성상 강우 영향으로 인한 토사 유출이 높고 특히 강우강도가 큰 시기에는 탁도가 최대 1,000 NTU 이상까지 증가하는 특성을 보였고, 총 유입오염부하량중 약 90% 이상이 강우가 집중되는 7~8월에 나타나는 것으로 조사되었다. 공단유역을 대표하는 시화공단 및 반월공단유역을 통해 유입되는 COD 총 유입오염부하량은 각각 803,684 kg/year 및 646,731 kg/year로 농촌유역과 도심유역에 비해 높은 값을 보였다. 공단유역을 통한 COD 유입오염부하량은 강우시 유량증가에 따른 영향보다는 비강우시 주변 공장으로부터의 미처리된 공장폐수 등 고농도 유기오염물질 유입이 유입오염부하량에 미치는 영향이 큰 것으로 나타났다.
   시화호 소유역별 유입오염부하량을 비교분석한 결과, SS는 농업유역인 반월천, 동화천, 남전천 및 문산천에서 각각 15,180 kg/day, 15,559 kg/day, 7,210 kg/day 및 4,100 kg/day로 총 유입오염부하량중 약 80%를 차지하는 것으로 조사되었으며, 공단유역 및 도심유역에서 차지하는 비율은 각각 약 11% 및 9%로 상대적으로 낮은 비율을 보였다. COD 유입오염부하량은 공단유역인 시화공단 및 반월공단에서 각각 2,281 kg/day(25.6%) 및 1,780 kg/day (20.0%)로 총 유입오염부하량 중 약 51%로 매우 높게 나타났고, 농업유역도 총 COD 유입오염부하량중 약 37%에 해당하는 비율을 차지하고 있는 것으로 나타났다. 공단유역과 농업유역에서 TN 유입오염부하량이 차지하는 비율은 약 83%로 매우 높고, 도심유역에서 발생되는 비율은 약 17%로 상대적으로 매우 낮은 비율을 보이고 있다. 각 하천별 TP 유입오염부하량은 공단유역을 대표하는 반월공단에서 약 89 kg/day(38.7%)로 가장 높았고, 농업유역에서는 반월천과 동화천이 각각 30 kg/day(13.0%) 및 31 kg/day (13.5%)로 높게 나타났다.