Estuary barrier is a hydraulic structure constructed to supply safely water as protecting chlorine penetration of sea water. However, the barrier brings about a problem which decreases original functions of estuary because hydraulic ecology was disrupted as obstructing natural water exchange between fresh water and sea water. It is important to supply Enough fresh water in the estuary ecosystem. But it is possible to reduce the problems brought from barrier throughout efficient water gate operation of estuary barrier.
 It was shown in this study that the environmental effect of estuary in Nakdong river was investigated according to the control of water level. Also, the basic information about the effective water gate operation was provided. The analysis results showed that the release rate of estuary was increased about 20% as changing the operational water levels. This helps supplying fresh water durably to the mixing zone. Also, CE-QUAL-W2 model was utilized to assess water quality. The values of BOD and COD were not changed in estuary area. From the result, it was analyzed the effect of water quality according to the water gate operation was not indicated.