It is very important to select a suitable membrane for a membrane water treatment process. The target material size and the water permeability were generally used as criteria for the membrane. However the fouling resistibility should be also considered for better performance of the process. Fouling has always been an inevitable problem and the most interested issue for membrane process engineers and researchers. The fouling occurs from interfacial interactions; i.e., the foulant-membrane adhesion and the foulant-foulant interactions. Thus the two interactions will be good parameters to predict fouling in the membrane processes. A new application of flow field flow fractionation (fl-FFF) method was developed to quantify the interfacial interactions. The fl-FFF method was designed so as to characterize a new membrane performance index (MPI), which represents not only fouling resistibility of a membrane for a specific foulant, but also membrane rejection capability. Three commercial ultrafiltration (UF) and nanofiltration (NF) membranes and two foulants including organic and colloidal materials, were tested to verify MPI in lab-scale membrane fouling tests. Higher values of MPI mean better performance of membranes for a specific foulant in terms of rejection and fouling resistibility. According to the fouling tests, combinations of foulant and membrane with higher MPI values showed lower fouling and higher rejection characteristics, which means the MPI can be a useful parameter to account for both fouling potential and removal efficiency.