This study included the development of analytical method for determining perchlorate in effeluent samples of two refineries. The two analytical conditions using Ion chromatography were referred in EPA 314.1 method in which the primary method  used columns named AS16 and the confirmatory method used column named AS20. At first the results of the two samples were compared. The concentration of perchlorate for the effluent of Y refinery using AS16 coulumn and AS20 column were similar; 12.37 ㎍/L for AS16, 12.63 ㎍/L for AS20 respectively but there were a significant difference between the values of effluent of K refinery for two method; 48.85 ㎍/L for AS16, 10.29 ㎍/L for AS20. The difference could be attributed to the co-eluting ions that had about same retention time to perchlorate. For more accurate and reliable analysis the two samples were analyzed using Ion Chromatography-Mass Spectrometer(IC/MS/MS) on MRM(Multiful Reaction Monitoring) mode. The results of two samples using  IC/MS/MS were similar to those for confirmatory method using AS20. The perchlorate concentration of effluent of Y refinery were 12.50 ㎍/L for IC/MS/MS and that of K refinery was 9.85 ㎍/L. In conclusion the result from the confirmatory method was well correspond to the data from IC/MS/MS. Theses results showed that the confirmatory method of EPA 314.1 was repsonsible and the primary method could make false data due to co-elutiing ions other than perchlorate.