용문습지의 물흐름은 침전지와 습지구역 모두 일부 구간으로 치우쳐 흐르는 것으로 나타났다. 침전지에서 습지로 유입된 물은 좌안쪽으로 치우친 상태에서 빠르게 하류로 이동하였고, 우완쪽의 물흐름은 매우 느린 것으로 나타났다. 시간이 경과되면서 우안쪽에도 염료가 관찰되었는데, 이는 우안쪽 습지로 유입된 염료가 하류방향으로 이동한 것이 아니라 좌안쪽의 염료가 우안쪽으로 이동하였기 때문이다. 즉 습지내 주된 물의 흐름은 좌안쪽으로 치우쳐 하류로 흐르며, 좌안쪽으로 유입된 물의 일부가 우안쪽으로 이동하는 것으로 나타났다. 한편 조사기간 동안 물이 전혀 도달하지 않는 사수역이 습지 하류부 우안쪽에서 나타났는데, 이는 습지의 모양에서 알 수 있듯이 우안쪽에 움푹 들어간 부분의 둑이 물흐름을 차단시키는 것으로 판단된다. 
 신풍습지는 침전지와 습지유입부의 대부분이 경계둑으로 차단되어 있으며, 침전지에서 습지로의 물 유입은 좌안쪽의 폭 1m 정도의 유입부를 통하여 이루어지고 있었다. 염료를 이용한 물흐름 조사결과 습지로 유입된 염료가 좌안쪽의 수로와 개방수역을 따라 하류부까지 흘러내려 온 후 제방의 좌안에서 우안쪽의 유출부로 흘러갔고, 폐쇄수역으로는 거의 물흐름이 거의 관찰되지 않았다. 우안쪽은 경계둑으로 차단되어 물의 유입이 전혀 없었으며, 좌안에서 우안쪽으로의 물흐름도 없는 것으로 나타났다. 한편 우안쪽 하류부 일부 구역에서 염료가 검출되었는데, 이는 좌안을 통해 유입된 물이 하류부에서 확산에 의해 이동한 것으로 판단된다.
 용문습지와 신풍습지의 체류시간은 지점간 매우 큰 차이를 보이기 때문에 평균 체류시간을 산정하란 어렵다. 다만, 조사일 유입수량과 저수용량으로부터 산정한 수리학적 체류시간(1.07일)과 좌안쪽으로 치우치는 물흐름을 고려한다면, 용문습지의 평균 체류시간은 1일 이내로 판단된다. 그리고 신풍습지의 경우 주흐름 방향의 평균 체류시간이 약 8시간 이내로 판단된고, 침전지의 수리학적 체류시간(29시간)을 고려하면 총 체류시간이 37시간으로 약 1.5일로 산정되었다.